Shigeru Ueda

Alguém que porta uma foice ataca Mayuri, que estava em seu laboratório. Mayuri subitamente fica fora de controle e acaba acertando o painel de controle de seu laboratório. Com isso, toda a Seireitei fica coberta por uma nuvem de partículas espirituais, aprisionando todos os Shinigamis dentro de um casulo.

The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Light's old lab and based several designs off of Dr. Light's original, called "Mega Man X". X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of Commander Sigma. It is their job to terminate reploids who have become violent.

Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.