Shigeru Ueda

尸魂界（ソウル・ソサエティ）の中心・瀞霊廷。謎の姉弟の暗躍によって巨大な霊子爆発が発生、瀞霊廷は壊滅の危機に陥り、事態を目撃していたルキアも行方不明となってしまう。一方、現世でその知らせを受けた一護はただちに尸魂界へと向かうが、恋次たち護廷十三隊の死神たちはなぜかルキアの存在を忘れ、ルキアから死神の力を授かった一護に関する記憶も失っていた。隊士たちに追われながらルキアを捜す一護だった。

The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Light's old lab and based several designs off of Dr. Light's original, called "Mega Man X". X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of Commander Sigma. It is their job to terminate reploids who have become violent.

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。