Yukimura Chizuru é uma garota que busca seu pai na cidade de Edo, e em sua jornada é perseguida por ronins e acaba sendo salva pelos temidos cães de Mibu, chamados de Shinsengumi. Eles são os responsáveis por proteger as pessoas de Edo, e são as forças armadas de samurais do Tokugawa Bakufu, e logo Chizuru identifica que os Shinsengumi também estão procurando por seu pai, e então Chizuru começa a cooperar com os Shinsengumi. Em uma das missões dos Shinsengumi, eles descobrem que existem Onis, que são seres muito poderosos e que têm um objetivo misterioso. Comandados por Kondou e Isami, e tendo como vice-comandante Hijikata Toshizou, os Shinsengumi enfrentam várias batalhas em prol de descobrir o segredo da Água da Vida e dos Onis.
Em São Francisco, Califórnia; Lupin e sua gangue tentam encontrar o paradeiro de algumas Barras de Ouro em um navio naufragado na costa da Ilha de Alcatraz. Mas um chamado grupo chamado Society Seven quer as barras de ouro por seus próprios motivos. A Society Seven é composta por 7 criminosos perigosos. Eles também têm uma conexão profunda com a Ilha de Alcatraz e o assassinato do falecido presidente John Fritzgerald Kennedy.
Deep-sea archeologist Hiroshi Ibuki is the member of the digging team working at the bottom of the sea hoping to uncover the origins of Earth's existence but instead uncovers a mysterious colony of bacteria which gives off light similar to the Aurora Borealis. The ancient bacteria, once revived, attempt to make the world habitable for themselves - a process that would bring Earth back to its early primal form, killing all current life in the process.
Foi um jantar agradável para Fujiko e Lupin. Até que seu momento junto foi interrompido por uma série de mísseis de um helicóptero. O piloto se chama Nazal Dorf, que quer os "Arquivos de Colombo" que eles possuem. Infelizmente, os arquivos foram destruídos e Fujiko é o único que os memorizou. Lupin se separou de Fujiko, que caiu de um penhasco e acabou sendo caçado pelos homens de Nazal Dorf. Enquanto isso, no Mar Mediterrâneo, vivia uma mulher chamada Rosaria, que é uma caçadora de tesouros. Encontra Fujiko em sua própria casa. Fujiko está com medo de ser caçado pelos homens de Nazal Dorf. Não só isso, mas sua memória está faltando e não lembra quem ela é ou Lupin. Isso será difícil para Lupin, já que Fujiko é o único elo para encontrar o Ovo de Colombo. Fujiko vai recuperar sua memória, e quem é esse Nazal Dorf?
Menos de um ano depois de Geist ativar a Death Force, que dizimou a maioria da população da Jerra, ele manteve-se ocupado pelo desmantelamento das máquinas da Força Morte, um por um. A maior parte da população humana restante fugiu para um refúgio remoto dirigido por um senhor da guerra chamado Krauser. Krauser é outra unidade MDS, MD-01, que tem uma tecnologia que esconde sua fortaleza móvel da Força Morte. Quando ele encontra Geist, uma luta inicial tem lugar, onde Krauser derrota Geist, jogando-o de uma ponte da fortaleza em um abismo que é usado para descarte de resíduos.
