My Hero Academia: World Heroes Mission é uma história original que se passa durante o inverno do arco Hero Internship. Um grupo misterioso que está determinado a eliminar todos aqueles com individualidades. Então, para salvar a todos, os Pro-Heroes precisam formar uma equipe mundial de heróis. É nesse momento que Deku, Bakugo, Todoroki e outros estudantes da Academia U.A. são chamados para combater essa ameaça.
The story takes place within Neo Tokyo in the year 2025, five years after a severe terrorist attack at the 2020 Tokyo Olympics. Students possessing special abilities are forced into serving an elite anti-terrorist unit created by the United Nations, fighting against threats including other ability users. If these agents fail their mission, they will be killed along with their families, who have bombs planted within their heads. One member of this covert ops unit, a Swedish girl by the name of Anthea Kallenberg, seeks to find who she really is.
Algum tempo depois após o 63º torneio sensha-do, o Ministério da educação Japonês decide dar continuidade com seu plano fechar a Academia Feminina de Ooarai, apesar do recente triunfo no campeonato. A fim de manter a escola aberta, Miho e sua equipe deve vencer uma partida contra uma equipe da Universidade sensha-dou.