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A floresta amazônica é invadida por piratas da biodiversidade e a jovem índia Maya acaba tornando-se vitima dos bandidos, deixando órfã a bebê Tainá. A criança é abrigada entre as raízes de uma Grande Árvore e salva pelo velho e solitário pajé Tigê, que passa a cuidar dela e só a devolve para seu povo cinco anos depois, quando será escolhido o novo líder defensor da natureza. Por ser menina, Tainá é impedida de se apresentar, mas pela herança da mãe, a última das guerreiras, e com o apoio da esperta menina da cidade Laurinha e do índio nerd Gobi, a indiazinha resolve encarar os malfeitores, desvendando o mistério de sua própria origem.
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Tati gosta de Marcelo que gosta de namoras muitas garotas. Sincera (às vezes em excesso), Tati demonstra seu amor, mas só consegue afastar Marcelo. Ao assistir a uma palestra do jovem professor e biólogo Conrado, ela tem uma ideia: aplicar as polêmicas teorias dele em seu relacionamento. Conrado desenvolve um guia técnico de sedução a partir da teoria de Charles Darwin, comparando o comportamento dos jovens namorados com o dos animais. A bela cobaia é aplicada e tudo parece dar certo na reconquista de Marcelo. A experiência "científica" se complica quando o envolvimento do professor com a aluna deixa um cheiro de romance no ar.
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A pequenina índia Catiti anda pela floresta seguindo e imitando Tainá, hoje uma linda e corajosa adolescente. Elas inutilizam as armadilhas dos traficantes de espécimes raros e, durante suas aventuras, encontram Carlito, garoto da cidade à procura de seu cachorrinho perdido, que Catiti resgata e quer adotar como seu xerimbabo (bichinho de estimação), pois todas as crianças da aldeia têm um, com exceção de Catiti. Quando a quadrilha se apodera dos xerimbabos da aldeia, todas as crianças devem esquecer as diferenças de cultura e temperamento para socorrer os cativos e se unirem sob a liderança de Tainá.
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Tainá vive na Amazônia com o avô, um sábio índio. Por defender a floresta dos caçadores, é perseguida e tem de se mudar para uma vila, onde conhece Joninho, um menino da cidade grande. Juntos, aprendem a lidar com os valores da cidade e da floresta.