Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
A Academia Ousai era originalmente uma escola secundária só para meninas. Devido às taxas de natalidade em declínio nos últimos anos, foi convertido em uma escola de coedição. Os alunos do primeiro ano do sexo masculino se encontravam cercados de garotas e, infelizmente, Tsuda Takatoshi é um deles. O que é pior, ele é repreendido em seu primeiro dia pelo presidente do conselho estudantil Shino Amakusa, que não deu uma boa primeira impressão dele. Tsuda também se encontra com os outros membros do conselho estudantil enquanto é repreendido, e no final, ele chega atrasado para a aula. Como um pedido de desculpas por arruinar sua manhã, Shino permite que ele se junte ao conselho estudantil por várias "razões" e ele aceita, ou melhor, ele é forçado a aceitar. Assim começa seus dias como Tsuda logo percebe que ele é o único aluno normal na Academia Ousai ...
Momonga mudou seu nome para Ainz Ooal Gown, nome da poderosa guilda que fundou com seus companheiros de jogo, para ser mais facilmente reconhecido por eventuais outros jogadores que tenham sido transportados para este novo mundo. Um rapaz chamado Nphirea, capaz de usar qualquer item mágico, chamou a atenção do feiticeiro, mas Clementine e Khajit, uma perigosa assassina e um necromante da ordem de Zuranon, já tinham planos nefastos para ele. Agora, cabe a Ainz resolver o problema em que se envolveu por acidente, mas enquanto o faz, um de seus NPCs pode ser alvo de algo que nem mesmo Momonga imaginaria existir nesse mundo...
No fundo do oceano, Lupin está mais uma vez em busca de um tesouro na esperança de ficar do lado bom de Fujiko. Enquanto Zenigata os persegue no mar e na terra, as pessoas ao redor da gangue começam a desaparecer misteriosamente. A névoa se aproxima e Mamo Kyosuke aparece em uma explosão de luz; ele afirma ser do futuro e busca vingança em Lupin III pelo que Lupin XIII fez a ele. Mamo lança Lupin, Jigen, Goemon e Zenigata 500 anos no passado; enquanto duas facções guerreiras lutam por um santuário lendário dedicado à viagem no tempo, Lupin deve encontrar uma maneira de sobreviver ao passado para garantir seu futuro.
