Когда-то встретившись и подружившись у подножия горы Фудзи, девочки нашли увлечение всей жизни и стали ходить в совместные походы. Они стали старше, но хобби не забыли и теперь снова разбивают лагерь с видом на Фудзияму.
После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет Амуро?
Ousai Academy was originally an all-girls high school. Due to the declining birth rates in recent years, it was converted into a co-ed school. The first year male students would find themselves surrounded by girls and unfortunately, Tsuda Takatoshi is one of them. What's worse, he gets scolded on his first day by the student council president Shino Amakusa, which did not give a good first impression of him. Tsuda also meets the other student council members while getting scolded, and in the end, he gets late for class. As an apology for ruining his morning, Shino lets him join the student council for various of "reasons" and he accepts it, or rather, he's forced to accept. Thus begins his days as Tsuda soon realizes that he's the only normal student in Ousai Academy...
Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется.
Итак, новое свидание начинается.
В 2883 году талантливый учёный Кёскэ Мамо создаёт машину времени. И, видимо, так он был увлечён своим творением, что совсем не уделял внимание своей девушке. Вскоре он узнаёт, что она встречается с другим парнем, и этим парнем оказывается потомок знаменитого афериста Арсена Люпена Третьего. Но Мамо не намерен с этим мириться, и он отправляется в прошлое, чтобы уничтожить Люпена, и чтобы его потомок никогда не появился на свет.
