Beethoven arruma uma namorada, Missy, e deste "enlace" nascem quatro filhotes. Mas Regina (Debi Mazar), a dona legal de Missy, separa o "casal" de cães pois quer forçar que Brillo, seu ex-marido e dono de Missy, lhe pague 50 mil dólares para devolvê-la. Mas Beethoven e a família Newton vão fazer todo o possível para libertarem Missy de Regina.
A família Newton vive em uma casa confortável, mas parece que falta algo. Este vazio é preenchido quando um mascote vai morar lá, sendo que na verdade este filhote é um imenso cão são bernardo, que traz alegrias e também muitos tumultos para os Newton. Paralelamente, Herman Varnick, o veterinário do local, tem uma secreta e horrível segunda atividade que requer diversos cachorros para experimentos, sendo que Beethoven está na lista de Varnick.
