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Ohana acabou se acostumando a viver na pousada que sua avó possui, Kissuisou. Um dia, a filha de um gerente da uma concorrente de Kissuisou, Yuina, vem para a pousada para aprender a se tornar uma dona de pousada. Conforme Ohana cuida de seu aprendizado, ela encontra "um certo item" num depósito enquanto faz faxina.
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No inverno de 1955, numa pequena cidade do sudoeste do Japão, uma menina de nove anos de idade chamada de Shinko Aoki, descobre que tem uma ligação familiar com uma província de mil anos de lenda, conhecida como Suō. Junto com Kiiko Shimazu, uma aluna nova que foi recentemente transferida para sua escola, elas embarcam em uma experiência mágica. Nesta mesma terra, uma menina chamada Nagiko Kiyohara tinha vivido mil anos atrás.
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Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
