Enquanto Rena e Maki se recuperam de seus ferimentos, os outros membros do SORD partem para o exterior para uma viagem escolar. Poucos momentos após sua chegada, porém, a gangue Mihama é puxada para uma caçada a um desertor do SORD, auxiliada pela estudante Sylvia e Velvet da St. Aile's International School. Tohka é a estrela do show desta vez, mas ela está lutando com seus próprios problemas - velhas memórias de seus pais e uma promessa a um amigo que ela não conseguiu cumprir...
Após o incidente com a Heath Oslo, a existência da organização anti-terrorista CIRS, dos EUA e do Japão, tornou-se uma questão de conhecimento público. O CIRS foi reconstruído a partir do zero e suas funções mais secretas se transformaram em uma nova agência: a SORD (Social Ops, Research & Development). O objetivo da SORD é treinar uma nova geração de agentes para defender o país contra futuras ameaças. Para esse fim, a organização estabeleceu uma série de escolas em todo o país. A Academia Mihama, mais ou menos deixada para apodrecer após o seu abrupto fechamento, recebeu um novo propósito como uma dessas "escolas especializadas em treinamento". Esta nova encarnação da Academia Mihama é o lar de um grupo diversificado de estudantes, que todos os dias trabalham para aperfeiçoar suas habilidades incomuns - às vezes no trabalho.
