A história segue Matou Sakura, a irmã mais nova de Tohsaka Rin, que quando jovem foi adotada pela família Matou. Assim, ela teve que passar por um torturante treinamento para desenvolver seus poderes mágicos. Sakura não deveria se envolver na Guerra do Santo Graal, mas devido ao seu envolvimento romântico com Shirou, sua mente quebra e ela fica louca. Sakura se torna uma líder da Guerra do Santo Graal e força Shirou em um Destino Cruel.
While performing a puppet show at a nursery, the HappinessCharge Pretty Cures are surprised when one of the dolls starts talking. “Save our kingdom!” Tsumugi, the ballerina doll, pleads. The Pretty Cures accompany Tsumugi to the land of dolls, a girls’ paradise of cute stuffed animals, talking dolls, music and dance ruled by the noble Prince Zeke. But the kingdom is under attack by the forces of Black Fang, a mysterious man who wants to conquer the land for his own nefarious purposes. As sorrow spreads throughout the Kingdom of Dolls, the Pretty Cures come to the rescue.
