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O jovem Yuta Okkotsu ganha o controle de um espírito extremamente poderoso, então um grupo de feiticeiros o matriculam na Tokyo Prefectural Jujutsu High School, para ajudá-lo a controlar esse poder e também para ficar de olho nele.
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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.
