A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.
The story is set in the future when a new threat attacks humans just as they are expanding their presence into space. Now, an enigmatic entity from 17 years ago has been set free, and the name of the entity is Justeen.
A trama gira em torno de Sakurai Tomoki, um estudante que tenta levar sua vida em paz sem nenhuma preocupação, a não ser por um estranho sonho, que ao despertar, ele começa a chorar. Sua amiga Sohara lhe diz para que vá ver Suagata-Sempai, que sabe de muitas coisas. Ele diz que Sakurai possui uma ligação com o Novo Continente. O que será esse sonho e que relação possui com o Novo Continente?
