이츠카 시도는, 지금까지 봉인해 온 정령의 소녀들과 잘 지내고 있었다.. 그러던 어느 날 아침, 시도는 상공에 거대하고 투명한 구체가 떠 있는 것을 깨달았지만, 다른 사람은 볼 수 없었고 라타토스크 기관의 분석에 의해, 시도가 말하는 장소에 어떠한 구체가 있는 것이 판명... 그 구체는 정령들의 질투나 독점욕이라고 하는 스트레스의 감정이 결집한 것으로... 정령들의 스트레스 해소를 위해 시도는 정령들과 데이트를 하게 되었다....
정령들은 시도와 데이트를 하게 되자 크게 기뻐하며 제비를 뽑기로 데이트 순서를 정했다.. 그리고...데이트를 하게 되는데...과연 ..그 구체의 진짜 정체는??!!
모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.
세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.
거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.
이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.
이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....
나루카미 유는 1년간 부모님이 해외로 출장을 떠나 외삼촌의 집에서 살게 되었다. 외삼촌이 사는 지역의 학교인 야소가미 고등학교에서는 괴소문이 퍼지고 있었다. 그 내용은 비가 오는 밤 자정에 전원 꺼진 TV에 비치는 자신의 얼굴을 쳐다보면 다른 사람의 얼굴이 보인다는 것. 나루카미가 야소가미 고교로 전학간 첫날, 실제로 TV에 비춰졌던 아나운서가 살인당하는 사건이 벌어지면서 나루카미 일행은 이 소문의 진실을 파헤쳐보기로 한다.
The story is set in the future when a new threat attacks humans just as they are expanding their presence into space. Now, an enigmatic entity from 17 years ago has been set free, and the name of the entity is Justeen.
토모키를 오랫동안 짝사랑하던 히요리는 큰 마음을 먹고 자신의 마음을 토모키에게 고백한다. 그러나 그의 대답을 들으러 가는 길에 히요리는 사고로 죽게 된다. 히요리는 토모키가 보고 싶은 마음에 자발적으로 엔젤로이드가 돼, 제타라는 이름으로 다시 지상에 내려온다. 하지만 제타는 이미 적에게 세뇌 당한 엔젤로이드. 그녀는 토모키를 죽이라는 마스터의 명령을 받아 자신이 살던 마을을 파괴한다. 다른 엔젤로이드들이 히요리를 적으로부터 구해내려고 노력하지만, 그럴수록 제타의 폭주는 그칠 줄 모르는데…. 과연 엔젤로이드들은 무사히 히요리를 구할 수 있을까?
