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História original criada pelo mangaká de Kuroko no Basket: Tadatoshi Fujimaki. Kuroko e seus colegas vão para o segundo ano e o verão está acabando. O popular time de basquete de rua, Jabberwock, chega no japão. Mas, no que é para ser um amistoso, eles humilham com o time japonês e zoam o basquete japonês.
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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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No ano 2116, o governo japonês começa a exportar o “Sistema Sybil” e seus drones não tripulados para vários países em crise em todo o mundo. Um país no meio de uma guerra civil, SEAUn (União dos Países do Leste Asiático) utiliza o Sybil como um experimento. Com o novo sistema, a cidade costeira de Shambala Float alcança paz e a segurança temporária. Mas quando terroristas de SEAUn são enviados para o Japão e atacam o sistema central de Sybil por dentro, um policial de Shambala Float, Tsunemori, viaja para investigar o incidente. No Japão ele procura entender a verdadeira justiça neste novo território.
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Logo depois de Motoko ganhar sua liberdade ao separar-se da 51ª Unidade Secreta do exército, mesmo sem a sugestão de Aramaki de ter sua uma unidade própria, Motoko começa a reunir membros para sua própria unidade. No decorrer da história, alguém hackeia o Logicoma. Enquanto ela carrega as máquinas para verificá-las em busca de anormalidades, ela é atacada por uma unidade armada. Não muito depois disso, ela se encontra com Batou, o homem com o “olho que nunca dorme”, Ishikawa, um ex-membro do exército o qual é especializado em obter informações através da internet e Borma, uma especialista em guerra eletrônica.
