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2112; no verão anterior, Akane Tsunemori foi designada para a Divisão Um do Departamento de Investigação Criminal da Secretaria de Segurança Pública. Teppei Sugo, um piloto bem-sucedido da 15ª Força-Tarefa Integrada do Exército de Defesa, junta-se à operação militar em Okinawa. Três meses depois, um drone de combate não tripulado abre fogo contra o Ministério da Defesa em Tóquio. O executor Tomomi Masaoka da Divisão 1 do CID é despachado para a base militar de Sugo para investigar a verdade por trás deste caso.
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História original criada pelo mangaká de Kuroko no Basket: Tadatoshi Fujimaki. Kuroko e seus colegas vão para o segundo ano e o verão está acabando. O popular time de basquete de rua, Jabberwock, chega no japão. Mas, no que é para ser um amistoso, eles humilham com o time japonês e zoam o basquete japonês.
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Durante o inverno de 2028, um dos maiores terroristas do mundo, conhecido pelo nome de Fire Starter, lançou uma forte infecção no ciber-cérebro, gerando um grande ambiente de tensão em New Port City. Para rastreá-lo e interromper as ofensivas, a Major Motoko Kusanagi une seu time de fantasma e ordena força máxima.
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Após a terrível Quarta Guerra Mundial, os habitantes de New Port City ainda sofrem bastante com as consequências dos bombardeios, e a cidade tenta aos poucos se recuperar. Mas a situação voltar a ficar complicada quando um homem, usuário uma perna mecânica produzida pela Mermaid's Leg, é morto misteriosamente. Agora, Motoko e Batou terão que trabalhar duro para desvendar o crime.
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A história do anime se passa em 2027, um ano após o final da quarta guerra não-nuclear. New Port City ainda está se recuperando do pós-guerra, quando ela sofre um atentado provocado por uma mina automotor. Em seguida, um membro de uma unidade militar é morto a tiros. Durante a investigação, a Segurança Pública da Seção Daisuke Aramaki encontra Motoko Kusanagi, a cyborg hacker atribuída a unidade secreta 501 dos militares. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi é a pessoa por trás do atentado. O Polícial detetive Togusa de Niihama está perseguindo seus próprios casos duais da morte a tiros e assassinato de uma prostituta. Motoko está sendo vigiada por Kurutsu, cabeça da unidade secreta do 501 e os agentes ciborgues.
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This story involves the shopkeeper Suzuri of Kokumondou who sells historic books and Mizuki, granddaughter of the land owner. When Mizuki releases a somewhat cute young spider demon out of a sealed book, the pair investigate the origins behind it.
