Miori Tsuzaka

2117年。公安局の執行官・須郷は、外務省から出向中の花城に、計画中という準軍事組織への参加を打診される。そんな中、彼は自らの軍人時代を思い出していた。2112年夏、沖縄。須郷は国防軍のエースパイロットとして、ある極秘作戦に加わっていた。それから3カ月後。国防省を武装ドローンが襲う事件が発生、身に覚えのない須郷も容疑者のひとりにされてしまう。彼は事件担当の執行官・征陸に協力して真相を追う。

ウインターカップで誠凛高校が全国制覇を成し遂げてから数ヶ月後—。2年生になった黒子テツヤたちが夏を終える頃、アメリカからストリートバスケットボールチーム「Jabberwock」が来日した。彼らは親善試合でハイレベルな実力を見せつけたが、同時に日本のプレイヤーたちを見下し嘲笑う姿で観客を騒然とさせる。今回の来日イベントに関わっていた相田景虎は、その態度に激怒しリベンジマッチを宣言。「Jabberwock」に対抗できる最強メンバーとして、黒子と火神、そして「キセキの世代」を集め、今回限りのドリームチーム「VORPAL SWORDS」を結成する！

戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティ――。 国外カルテルの利権を巡る水の価格協定への抗議デモを見守る、草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で警備の機動隊による無差別発砲事件が突如発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス“ファイア・スターター”が引き金となったものだった。草薙は感染源であるサイードを特定、事件鎮圧のために銃撃する。その最中、草薙の電脳に“枝”をつけた何者かがいた。バトーたちが対象人物の元へと急行すると、そこには全身義体の少女ツダ・エマの姿があった――。陸軍情報部ホヅミ大佐が申し出たエマの引取りを拒絶した荒巻の指示で彼女を護送・調査する草薙は、エマのゴーストへのダイブを敢行。そこには“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア、ふたつのゴーストが存在した。彼らが目指すものは何なのか。陰謀渦巻くダブルゴーストの真相に草薙が迫る――。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。

2027年、第四次非核大戦終戦から一年、戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで自走地雷を使った爆殺事件と、兵器売買における収賄容疑の掛った軍人が銃殺される事件があった。 雨烟る中、その軍人の電脳を求め墓地を暴く公安の荒巻大輔。 そしてその背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊『501機関』に所属する超ウィザード級ハッカーにして全身義体のサイボーグ、草薙素子だった。 だがこの事件を追いかけているのは草薙だけではなかった。 彼女を爆殺事件の犯人と疑い付け狙う『眠らない眼』を持つ男、バトー。 銃殺事件と娼婦殺人事件の共通項を捜査する新浜県警の刑事トグサ。 そして『501機関』のクルツ中佐とサイボーグエージェントたちが草薙の動向を注視していた。 彼らが追い求めるものは、目の前の「事実」と失われた「真実」とが交錯する電脳社会の混沌に身を潜める。自身の未来と掲げた理想のために草薙の本能が今、起動(アライズ)する。

かつて凄腕の陰陽師が蜘蛛の妖怪を1冊の本に封印してから、時は流れ現代の日本。その本を手にした古書店に、小さな少女の姿をした蜘蛛の妖怪が現れた。古書店の店長・硯とビルのオーナーの孫娘・瑞紀は、この妖怪を何とかすべく行動するが…？