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No meio de outubro de 1998, Enjou Tomoe é atacado por delinquentes da sua antiga escola e é salvo por Ryougi Shiki. Ele pede a ela para escondê-lo e admite que matou alguém. Vários dias depois após o incidente não houve nenhuma notícia do assassinato como se nada tivesse acontecido.
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Julho de 1998 - Depois que um grupo de delinquentes são encontrados mortos no local de encontro deles com as suas tripas arrancadas e retorcidas, Aozaki Touko recebe um pedido para encontrar o assasssino e pede ajuda a Shiki. O principal suspeito é Asagami Fujino; uma garota que era o brinquedo desses garotos até pouco tempo, a quem Shiki acreditar ser "uma da sua espécie". Enquanto isso, o amigo da escola de Kokutou Mikiya, Gakuto, pede a ele para encontrar um jovem desaparecido relacionado com o grupo de delinquentes, que aparentemente escapou do massacre e se escondeu, temendo por sua vida.
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Uma série de assassinatos brutais está acontecendo em uma cidade pacata. O assassino está ficando acostumado a matar e não há nenhuma pista sobre ele. Contra esses eventos a história do primeiro encontro de Ryougi Shiki com Mikiya Kokutou que irá moudar a vida dela é revelada.
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Quando uma estranha de série de suicídios começa a ocorrer em um arranhas céus, a maioria da população trata como uma série de eventos infelizes. Uma garota, entretanto, sente que algo mais sinistro está por trás disso - especialmente quando um amigo dela adoece misteriosamente. Depois de testemunhar umas das mortes, Shiki começa a perceber uma estranha ligação entre as garotas, e preve que um total de oito irão morrer. Com sete já mortas e a precisão de sua previsão estando incerta, ela parte para por um fim nessas mortes. Mesmo assim, enquanto ela se aproxima da verdade, ela se vê cada vez mais próxima da morte; Irá Shiki se tornar a salvadora da cidade, ou próxima vítima?
