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Sete anos após ter perdido seu pai durante uma batalha em Tóquio, Anemone (Ami Koshimizu) vai atrás de vingança. Ela agora é a peça fundamental na estratégia de uma unidade experimental para derrotar o Sétimo Eureka, que está matando milhões de pessoas e destruindo continentes. A única maneira de contra-atacar é atingir o inimigo por dentro. Embora seja arriscado, com a ajuda de Dominic (Shigenori Yamazaki) e uma menina de cabelo azul (Kaori Nazuka), Anemone fará o que for preciso para cumprir o plano e salvar a humanidade.
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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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Julho de 1998 - Depois que um grupo de delinquentes são encontrados mortos no local de encontro deles com as suas tripas arrancadas e retorcidas, Aozaki Touko recebe um pedido para encontrar o assasssino e pede ajuda a Shiki. O principal suspeito é Asagami Fujino; uma garota que era o brinquedo desses garotos até pouco tempo, a quem Shiki acreditar ser "uma da sua espécie". Enquanto isso, o amigo da escola de Kokutou Mikiya, Gakuto, pede a ele para encontrar um jovem desaparecido relacionado com o grupo de delinquentes, que aparentemente escapou do massacre e se escondeu, temendo por sua vida.
