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Nishi é um rapaz que sempre foi apaixonado por sua amiga de infância, Myon. Um dia eles se encontram e resolvem conversar sobre os velhos tempos no restaurante da família da moça. No meio da conversa dois homens da Yakuza entram e provocam problemas. Nishi intervem quando ameaçam estuprar Myon, o problema é que ele então é morto por um dos membros com um tiro que atravessa seu anus.
Após sua morte, ele se encontra com Deus e passando pela saída "errada" do céu, Nishi obtém uma segunda chance. Ele promete viver sua vida intensamente junto de Myon.
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Narra a performance do ciclista espanhol Pepe Benengeli durante a ‘Vuelta a España’, terceiro circuito de ciclismo mais importante do mundo. Por estar em sua terra natal, Pepe se sente na obrigação de vencer; ainda mais porque, nesse mesmo dia, seu irmão mais velho está se casando com sua ex-namorada.
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Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
