Саки и Такидзава возвращаются в Японию. Тем временем Мононобе с помощью ракетного удара выводит из игры всех остальных селесао, уничтожив контейнеры с их Джуз. В аэропорту героев встречает вдова умершего премьера Инумы, чтобы самолично разобраться в том является ли Такидзава внебрачным сыном её мужа. Тем временем работников компании «Эдем» объявляют в розыск.
Нападение зомби приносит хаос в аэропорт Харвардвиль. Клэр Рэдфилд и Леон Кеннеди, боровшиеся с корпорацией Umbrella во время трагедии в Раккун Сити 7 лет назад, вновь вернулись. Они готовы к битве с противником, который жаждет мести. Смертельный G-вирус выпущен на свободу и рождает нового монстра-мутанта.
2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса — теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукловодом — виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто — Кукловод? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно запланированным прекрасным преступлением? И, каков же будет результат? Тайны окружают Сообщество стабильной государственности…
В далеком будущем Азия стала центром мировой экономики. Полицейские оккупационные власти руководят странами Евразии, жестоко подавляя любые попытки сопротивления. На далеких фронтах не утихает война, природные ресурсы на исходе, и даже в мирных городах Японии лютуют страшные болезни. В связи с возрастающим уровнем смертности населения, правительство решает одобрить новый проект доктора Азумы, лучшего специалиста в области генной инженерии. Суть эксперимента предельно проста — выращивать любые человеческие органы и части тел, и пересаживать их людям в случае надобности. Но проект завершается неудачей — выращенные Азумой тела оживают! Армия клонов развязывает войну против своих же создателей. У человечества остается лишь одна надежда на спасение: Тэтсио — сын доктора Азумы. Погибший на войне, и вернувшийся к жизни благодаря эксперименту отца, Тэтсио наделен необычайной силой, а его тело заключено в особый сверхпрочный скафандр, что делает его практически неуязвимым…
