En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.
En el año 3195, hubo una guerra entre un ejército de robots rebeldes y humanos. Cuando Shaian, una armadura de combate sensible, perdió a su compañero en la batalla, se apagó hasta que sus sistemas internos detectaron un nuevo humano. Ahora, casi 1000 años después, el mayor enemigo de Shaian, el general Elmedain, sigue vivo y luchando por el Imperio de Brasil. Con la ayuda de una nueva piloto, Shaian puede ser capaz de detener esta fuerza maligna antes de que otra guerra se desate en el continente.
