Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!
No ano de 3195, houve uma guerra entre um exército de robôs e os humanos. Quando Shaian, uma armadura de combate consciente, perdeu seu companheiro em batalha, ele fechou até que seus sistemas internos avistaram um novo humano. Agora é quase 1000 anos depois, e o maior inimigo de Shaian ainda está vivo e lutando no Brasil. Com a ajuda de um novo amigo, Shaian pode ser capaz de parar esta força maligna antes que outra guerra se alastra sobre o continente.
