Незадолго до окончания строительства космического лифта "Эндимион" - Камидзё и Индекс встречают девушку нулевого уровня по имени Мейго Ариса. Вскоре после этого, преследуя Арису, Маги совершают нападение на Академград. В ответ на агрессию со стороны магов - Академград высылает специальный высокотехнологичный отряд, во главе которого стоит Шаттаура Секвенция. Пока на улицах Академграда разгораются бои - Тома узнает от Стейла, что из за необычной способности Арисы может разгореться полномасштабная война между Научной и Магической сторонами конфликта.
В 3195 году шла война между людьми и роботами. Боевой робот Шайан потерял в битве своего пилота, выключился и находился в таком состоянии, пока его сенсоры не обнаружили нового человека. Прошла тысяча лет, но заклятый враг Шайана всё ещё жив и ведёт войну в Бразилии. С помощью новых друзей Шайан может одолеть зло, прежде, чем новая война сотрясёт континент.
