Desde la desaparición del emperador más malvado de Britannia, hace un año, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Unión Federativa de Naciones. Sin embargo, esta calma se termina abruptamente cuando los militantes armados secuestran a la ex princesa Nunnally vi Britannia y Suzaku Kururugi, el asesor principal de los Caballeros Negros, lo que desencadena una crisis internacional. El poderoso y poco confiable Reino de Zilkhstan es acusado de orquestar su captura. Para investigar a fondo los hechos, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y sus asociados en una operación encubierta al país. Allí, se encuentran con la bruja inmortal C.C., quien se encuentra en una misión para completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, tomará el mando y buscará salvar al mundo del peligro una vez más.
Es el año 1923, en Munich. Han pasado dos años desde el episodio final de la serie "Fullmetal Alchemist", dos años desde que Edward se sacrificara para poder resucitar a su hermano Alphonse y que llegara nuestro mundo. Hasta entonces, Edo ha estado intentando volver a su mundo, estudiando sobre cohetes y el viaje al espacio, creyendo que así podrá regresar. Mientras, Al viaja por su mundo buscando la manera de poder recuperar a su hermano. Lo que ellos no saben es que una organizacion oculta prepara un plan que podría poner en peligro ambos mundos...
