를르슈의 죽음 그 이후, 스자쿠가 ‘제로’로서 살아가는 세계는 재편성된 초합중국을 중심으로 안정되어 평화로운 나날의 연속인 듯하다. 그러던 어느 날, 나나리와 함께 난민 캠프 위문을 간 스자쿠는 의문의 나이트메어 프레임에 급습당하고 두 사람은 납치되기에 이른다. 갑작스레 깨져버린 평화에 슈나이젤은 카렌, 로이드, 사요코에게 전사의 나라 지르크스탄 왕국으로 잠입 명령을 내린다. 그곳에서 세 사람은 C.C.와 재회하지만 이내 정체 모를 기아스 사용자에게 공격받는데…
정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.
1920년 독일로 떨어진 에드워드는 연금술을 사용할 수 없게 되어, 로켓등의 기계문맹에 관심을 가지된다. 그런데 이곳(현실세계)에서 전설에 등장하는 샴발라라고 불리는 에드의 세계로 가기 위한 음모가 꾸며진다. 여러가지 우여곡절끝에 결국 에드는 아보지 호엔 함임을 연성하고 알은 살아남은 호문크루스인 롸스와 그라토니를 연성하여 문을 열게되는데...
