Desde o fim do homem que acreditavam ser o imperador mais tirano da Britânia um ano atrás, o mundo gozou de uma paz nunca antes vista sob a direção da Federação das Nações Unidas. Entretanto, essa paz frágil é destruída quando militantes armados raptam a antiga princesa Nunnally vi Britania e Kururugi Suzaku, o conselheiro chefe dos Cavaleiros Negros, iniciando uma crise internacional. O poderoso e nada confiável Reino do Zilkhstão é acusado de orquestrar suas capturas. Para investigar, autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e seus companheiros numa operação furtiva no país. Lá, eles encontram a imortal C.C., que está numa missão para completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história, uma lenda que irá se erguer, tomar comando, e salvar o mundo do perigo outra vez.
O filme se passa dois anos após os acontecimentos do último episódio da série Fullmetal Alchemist. Edward Elric vive em Munique (Alemanha) no ano de 1923, junto com Alphonse Heiderich, onde busca uma forma de voltar ao seu mundo e reencontrar seu irmão Alphonse Elric e seus amigos, mas ele terá que enfrentar também os problemas de sua época no outro mundo, como por exemplo Adolf Hitler.
