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La película comienza con una introducción de Kokuto Azaka sobre quién es ella y cómo planea ganarse a Mikiya como su amante a pesar de la presencia de una mujer peligrosa llamada Ryogi Shiki. Posteriormente, Shiki es enviada a la escuela de Azaka, la Academia Reien, durante las vacaciones de invierno para ayudar a investigar una serie de informes de hadas que roban los recuerdos del estudiante y un intento de suicidio sospechoso de Kaori. Los dos chocan de inmediato ya que Azaka está enamorada de su hermano (Mikiya) y considera a Shiki un rival amoroso. Mientras camina por la escuela, Shiki se da cuenta de un hada y la persigue. Azaka, que no puede ver a las hadas, se queda sola y es atacada por una persona desconocida y le roban la memoria, y se despierta por la noche sin recordar lo ocurrido. Descubren que el mago que usa las hadas está tratando de borrar los recuerdos de todos sobre el intento de suicidio de Kaori, pero la escuela tiene un registro escrito de la investigación.
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En el clímax de las Guerras Eva, el 24 de diciembre del año AC 195, los ejércitos de la Nación Mundial y el Colmillo Blanco se enfrentaron en una feroz batalla. El líder de la Nación Mundial, Treize Khushrenada, fue asesinado, el líder del Colmillo Blanco, Zechs Merquise, desapareció y la Tierra fue salvada de la destrucción por la intervención de los cinco pilotos de Gundam. Habiendo presenciado las consecuencias de la guerra y el odio, la gente de la Tierra y las colonias espaciales dejaron de lado sus diferencias y juntos fundaron un nuevo gobierno mundial.
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Recuerda 2040 d.C. - Han pasado treinta años desde que la batalla entre la Tierra y las fuerzas Zentraedi cambió la vida de ambas razas. En el planeta Eden, se está llevando a cabo un proyecto de alto secreto conocido como 'Supernova' para determinar el luchador variable de próxima generación de U.N. Spacy. Competir para ganar la financiación es el YF-19 de Shinsei Industries y el YF-21 de General Galaxy. Pilotando el YF-21 está Guld Goa Bowman, mitad humano, mitad Zentraedi. Shinsei recibe a su nuevo piloto de pruebas en la forma del rebelde piloto de combate Isamu Dyson, quien una vez fue amigo de Guld. Mientras tanto, mientras Isamu y Guld luchan furiosamente para ver cuál de sus luchadores es superior, una Idol Virturoid llamada Sharon Apple realizará su concierto debut en Eden. A cargo de Sharon está el productor Myung Fang Lone, otro ex amigo de Isamu y Guld. Cuando los tres se encuentran, viejas disputas surgen de un pasado turbulento.
