Yoko Takanori

1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。

Ａ．Ｃ．１９６年、クリスマスイブ。リリーナ・ドーリアンは外交訪問中のＬ－３ Ｘ１８９９９コロニーで拉致され、一人の少女に出会う。少女の名はマリーメイア。 先年死去した世界国家の元首でＯＺ総帥を務めたトレーズ・クシュリナーダを父に持 つという。少女が父の覇権を継ぎ新たなる戦いを宣言したその頃、ヒイロ、デュオは 独自のルートでＸ１８９９９コロニーへの潜入を果たす。が、２人の前に敵となった 五飛とトロワが立ち塞がった！

ゼントラーディのボルド艦隊による地球襲撃から３０年を経たＡＤ２０４０年。地球から１０数光年を隔てた惑星・エデンのニューエドワーズ基地にて「ＡＶＦ（次期主力全領域戦闘機）」のトライアルが行われていた。そこへＹＦ－１９のテストパイロットとして「イサム･ダイソン」が転属される。だが、彼が基地に赴くと、そこには彼が良く知っている男が競争相手であるＹＦ－２１のパイロット務めていた。ガルド･ゴア･ボーマン…かつてのイサムの親友であり、またライバルでもあった男…。