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Esse filme se passa na Escola Reien, na qual Azaka estuda para resolver o mistério sobre as fadas. Shiki é mandada por ordens de Touko para ajudar, apesar da ajuda não ser aceita por Azaka.
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After Colony 196 - Um ano se passou após a batalha entre a Terra e suas colônias. Heero, Duo, Trowa e Quatre enviam seus Gundams em direção ao sol. Relena Darlian é agora a ministra da Nação Unificada da Terra. Mas como os pilotos de Gundams estão ajustando à paz na Terra, Relena é sequestrada e uma nova ameaca aparece, conduzida por Mariemaia Khushrenada - a filha do recente ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton. Tornando ainda mais complicado, o piloto do Gundam Nakatu WuFei apoia essa discórdia. Os pilotos de Gundam conseguem recuperar os seus mobile suits e mais uma vez tentarão nessa batalha com Mariemaia impedir sua dominação global.
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Three decades after the great war between the humans and the Zentradi, the U.N. government is developing new technologies to use in their transforming fighter aircraft by running tests on the colony planet Eden. Military test pilots and former childhood friends, loose cannon Isamu Alva Dyson and the Zentradi mixed race Guld Goa Bowman, are selected to each pilot a new aircraft (Shinsei Industries' YF-19 & General Galaxy's YF-21) for Project Super Nova, to choose the newest successor to the VF-11 Thunderbolt variable fighter which is currently still in use by the U.N. Spacy military forces. Their own personal grudges end up disrupting the tests, and begin to wreak havoc on the program.
