Cuando los «aliens» con forma humana amenazan la Tierra, una nueva agente y otro veterano del MiB emprenden una misión para salvar el mundo (y su propia organización).
A Gru lo han despedido. Se ha quedado sin trabajo porque ha dejado escapar al supervillano Balthazar Bratt, estrella infantil de los años 80 que con la llegada de la pubertad lo perdió todo y ha estado creando el caos en todo el planeta. Además, Gru va a conocer a su hermano gemelo Dru y tendrá que decidir si está listo para continuar la tradición familiar de dedicarse al crimen, y unirse a el para llevar a cabo un último golpe. Aunque ha dejado esa vida atrás… ¿volverá a convertirse Gru en un villano?