Quando criança, Molly presenciou a abordagem de dois agentes do MIB aos seus pais, apagando a memória deles acerca da súbita aparição de um ser extraterrestre. Como estava escondida, a garota não foi atingida pela ação. Obcecada pelos mistérios do universo, ela cresceu com o sonho de ingressar no MIB. Após muita pesquisa, ela consegue descobrir a sede da agência e lá se candidata a uma vaga, sendo aceita por O. Ainda em experiência, e agora renomeada como agente M, ela é enviada a Londres para investigar algo estranho que tem ocorrido na agência local. É quando conhece o agente H, de grande renome pelos seus feitos no passado mas uma certa arrogância e displicência na execução do trabalho.
O ex-ator mirim e astro de TV, Balthazar Bratt, foi um típico malvado bem-sucedido nos anos 80 e agora está de volta à ativa. Ele vai aterrorizar a vida de Gru, Agnes, Margo, Edith, Dr. Nefario e os atrapalhados Minions. Em meio a tudo isso, Gru também vai encontrar o seu irmão gêmeo, Drew.
