La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.
Sho and his friend Tetsurou stumble upon an odd alien artifact while walking through the woods. Then, the alien artifact breaks free of its metallic bonds and enters Sho's body, turning him into the Guyver. With this new power, Sho must do battle with the evil Chronos corporation and their genetically enhanced Zoanoids, who seek to get the Guyver back into their labs. No one close to Sho is safe from Chronos. He must fight.
