Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
Sho and his friend Tetsurou stumble upon an odd alien artifact while walking through the woods. Then, the alien artifact breaks free of its metallic bonds and enters Sho's body, turning him into the Guyver. With this new power, Sho must do battle with the evil Chronos corporation and their genetically enhanced Zoanoids, who seek to get the Guyver back into their labs. No one close to Sho is safe from Chronos. He must fight.
