Человек в маске, представленный зрителю как Учиха Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего проникает в Коноху, где сталкивается с Наруто и Сакурой. С помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает героев в параллельную реальность, где всё наоборот, родители Наруто живы, Сакура дочь героев деревни, Саске никуда не уходил, Акацки защищают Коноху, и всё кажется идеально. Вот только тот ли это мир, который хочет защитить Наруто, его ли это жизнь? Вместе с Сакурой, Наруто должен найти ответ на эти вопросы и разобраться с человеком в маске, который смог заполучить в союзники таинственного парня в маске из альтернативной реальности.
История повествует о жизни обычного японского школьника по имени Cё Фукамати, случайно нашедшего блок био-брони, сделавший его почти всесильным и почти неуязвимым. Корпорация Кронос, желая заполучить данный артефакт и имея практически неограниченные возможности, начинает прибегать к самым изощренным мерам, дабы вернуть то, что принадлежит им по праву.
