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Conan viaja a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa y la Liga de Detectives Juveniles. Un misterio lleva a los niños a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
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Conan es invitado junto con sus amigos a una fiesta donde se está presentando un nuevo videojuego de realidad virtual. Pero durante la presentación sucede un asesinato y por si fuera poco parece ser que los niños se quedan atrapados en el juego. Así pues, Conan se verá obligado a ir dentro del juego para averiguar quien ha sido el asesino con la ayuda del famoso personaje Sherlock Holmes y también para rescatar las vidas de los niños.
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Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él. (FILMAFFINITY)
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La película tiene como personaje principal a Luna quién vive una extraña aventura y se enamora de un humano. La llegada de un cometa trae consigo a una ancestral enemiga del milenio de plata. La cual causo la anterior era glacial. Vencida hace mucho por el cristal de plata vuelve para conquistar la tierra y cubrirla de hielo una vez más, su llegada esta ligada a un joven astronomo obsesionado con la leyenda de la princesa Kaguya (princesa de la luna) lo que lo a llevado a ser una persona solitaria ya que muchas personas creen el se basa en en una fantasia al decir que realmente hay una princesa en la luna.
