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휴가를 맞아 300년 전 존재했던 해적과 숨겨진 보물의 전설이 전해지는 신해도를 찾은 코난 일행 전설 속 보물을 찾으려는 트레저 헌터(보물 사냥꾼) 중 한 명이 의문의 죽음을 당하면서 수상한 냄새를 느낀 코난 일행의 수사가 시작된다. 한편, 트레저 헌터들 중 국제적 수배를 받고 있는 위험한 인물들이 있다는 사실이 밝혀져 긴장감이 고조되는 가운데 미란과 보라가 사라지는 사건이 발생하는데…!
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수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…
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코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데...
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유명 여배우 연주리에게 괴도 키드로부터 의문의 암호와 함께 ‘운명의 보석’이라 불리는 스타 사파이어를 가지고 가겠다는 예고장이 날아든다. 코난 일행은 괴도 키드를 잡기 위해 그녀가 주연을 맡고 있는 공연장을 지키지만, 아쉽게도 놓쳐버린다. 연주리는 무사히 보석을 지켜준 답례로 코난 일행을 자신의 별장으로 초대하고, 모두 함께 탄 비행기 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 만다. 여기에 기장과 부기장도 의식 불명에 빠지면서, 조종사를 잃는 절체절명의 위기가 닥치는데… 과연 모두의 운명은 어떻게 될 것인가? 괴도키드가 진짜 노리는 것은?!
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IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……
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일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...
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고양이 ‘루나’는 교통사고를 당할 뻔한 자신을 구해준 청년에게 사랑에 빠진다. 어느 날 그 청년은 해변에서 수수께끼의 수정을 줍게 되는데, 그 수정의 정체는 45억년만에 지구에 접근한 혜성 ‘스노우 가구야’ 본체의 일부였다. 수정을 주운 이후로 청년의 지병이 점점 악화되는데…
