Ryouko Hata

小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島（こうみじま）を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。

謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。

15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。

舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。

ゲームの世界に入り込める画期的な体感シミュレーションゲームの発表会が催され、有力者の子息らに交じってコナンたちもプレーに参加することに。だが、彼らを待っていたのは、自殺した天才少年プログラマーのヒロキが作り上げた人工知能からの挑戦状だった。ゲームをひとりもクリアできなければ、全員が二度と目覚めることはないというのだ。コナンは19世紀のベイカー街を再現した世界で、切り裂きジャックに立ち向かう……。

コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン＝工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに？　さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。

車にひかれそうになったルナを助けてくれたのは天文台で働く宇宙翔（あおぞらかける）という青年だった。宇宙に幻想的なロマンを抱く、彼の純粋さに、ルナは次第に惹かれていく。だが、翔には幼馴染の名夜竹姫子という恋人がいたのだ。一方、地球を氷で包み、自分のコレクションにしようとする、プリンセス・スノー・カグヤの魔の手が迫る。果たしてルナの想いは翔に届くのか…そして地球の運命は！？