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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Sea testigo de la formación de la legendaria Sección de Seguridad Pública 9. Cuando una organización clandestina piratea todos los autos en la ciudad, Kusanagi recluta a un equipo letal de ciberopertivos para reprimir el caos y hacer que la ciudad vuelva a estar segura.
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La historia se centra en el personaje de Kurapika, el cual se convirtió en Hunter para vengarse del Genei Ryodan por la masacre de su clan. En la película a Kurapika le roban los ojos especiales de su clan, pero gracias a Gon, Killua y Leorio, consigue salvar la vida. La Tropa Fantasma aparece ante Kurapika y el resto, los cuales descubrirán la identidad del hombre con la araña número 4.
