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世界で一番危険な結婚式ーー
ハロウィンシーズンで賑わう東京渋谷。
渋谷ヒカリエでとある結婚式が執り行われていた。そこには、ウェディングドレスに身を包んだ警視庁・佐藤刑事の花嫁姿。コナン達招待客が見守る中、突然乱入してきた暴漢が襲い掛かり、守ろうとした高木刑事の身に危機が―!? 事態は収束し高木は無事だったが、佐藤の瞳には、3年前の連続爆破事件で、想いを寄せていた松田刑事が殉職してしまった際に見えた死神のイメージが、高木に重なって見えていた。 因縁の爆弾魔ーー
時を同じくして、その連続爆破事件の犯人が脱獄。果たしてこれは偶然なのか? 公安警察の降谷零(安室透)が、同期である松田刑事を葬った因縁の相手を追い詰めるが、そこに現れた謎の仮装の人物に、首輪爆弾をつけられてしまう。 〈時間〉が動き始めるーー
首輪爆弾解除のために安室が潜伏している地下シェルターを訪れたコナンは、3年前に今は亡き警察学校時代の同期メンバー達と正体不明の仮装爆弾犯「プラーミャ」と渋谷で遭遇した事件の話を聞く。やがて、捜査を進めるコナン達を狙う不穏な影が―。
火が灯された運命のスクランブル。
いま、祝祭のハロウィンが狂乱の夜行へと変貌する―! 失った過去と、受け継がれた現在。〈時間〉が交錯する時、祝祭のハロウィンが、狂乱の夜行へと変貌する―!
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4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG(ワールド・スポーツ・ゲームス)の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
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501機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安9課の荒巻からの誘いを断り、自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。 荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。 彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成78部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。 それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。
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ゴンと共に旅をしていたキルアは、兄のイルミに「お前には友達はできない」と迫られる夢にうなされていた。しばらくして二人は、マリオネットを操って路上ライブにいそしみ、ライブ終了後に投げ銭を受け取る人形師に出会う。人形師の名はレツといった。 一方、クラピカはレオリオとの道中、竪琴を弾く少年と出会う。少年は、かつて試験官が引き連れてきた者から同伴者を一人選んで行う試験で、競争相手であるはずの隣相手を選び、共に合格した程の仲である目の見えない少年、パイロだった。クラピカはレオリオに先を促して二人の時間を作った。再会も束の間、クラピカはパイロに両の目を奪われてしまう。クラピカが病室で静養している中を幻影旅団No.4のヒソカが現れ、奪った相手が以前の幻影旅団No.4だった男だと語った。その男の名は……。