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Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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Logo depois de Motoko ganhar sua liberdade ao separar-se da 51ª Unidade Secreta do exército, mesmo sem a sugestão de Aramaki de ter sua uma unidade própria, Motoko começa a reunir membros para sua própria unidade. No decorrer da história, alguém hackeia o Logicoma. Enquanto ela carrega as máquinas para verificá-las em busca de anormalidades, ela é atacada por uma unidade armada. Não muito depois disso, ela se encontra com Batou, o homem com o “olho que nunca dorme”, Ishikawa, um ex-membro do exército o qual é especializado em obter informações através da internet e Borma, uma especialista em guerra eletrônica.
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Kurapika se tornou um Hunter para se vingar do grupo criminoso de classe A chamado “Genei Ryodan” que massacrou seu clã por causa de seus olhos especiais. Os olhos do clã Kuruta se tornam escarlates em momentos de raiva ou fortes emoções, e são considerados os tesouros mais belos no mundo. Kurapika continua a perseguir o Genei Ryodan, mas um grupo desconhecido roubou seus olhos escarlates. Com a ajuda de Gon, Killua e Leorio, a vida de Kurapika é salva. No entanto, o Genei Ryodan aparece diante deles e impede seu caminho. A verdadeira identidade do membro com a tatuagem de aranha número 4 está prestes a ser revelada.