Ash y compañía llegan al pueblo de Rohta, donde la leyenda del héroe guiado por las ondas ha sido transmitida de generación en generación. Un festival se está celebrando en el castillo Oldoran en honor al Héroe Aaron, quien hace siglos detuvo una terrible guerra entre los "Rojos" y los "Verdes" (dos ejércitos Pokemon) usando el poder del árbol del Genesis. Entre los festejos, hay una especie de torneo Pokemon para decidir quien será el Héroe Guiado por las ondas del año, y Ash lo gana. Sin embargo, la alegría es interrumpida cuando Mew aparece de la nada y rapta a Pikachu.
Un meteorito del espacio exterior se estrellará en la Tierra, en una gran zona de hielo. El Professor Lund y sus compañeros (incluyendo su hijo, Tory) saben que deben observar y estudiar los Pokémon en las zonas de hielo cuando el catastrófico meteoro se estrelle finalmente. De este desastre emerge un nuevo Pokémon, Deoxys. Pero, apenas hace su aparición, entra en batalla con otro Pokémon, Rayquaza, y el Professor Lund y Tory quedan atrapados en esta batalla climática entre estos dos titanes. Cuatro años después, Ash, Pikachu, y sus amigos llegan a la moderna ciudad de Larousse, listos para librar batallas en la famosa Torre de Batalla de la ciudad. Allí se encuentran con Tory, que se encuentra con todavía con miedo por su encuentro Pokémon anterior, y se mantiene apartado de ellos. Ahora, Ash y compañía tratarán de ayudar a Tory a perder su miedo a los Pokémon, y luego Deoxys reaparecerá... Séptima película basada en la saga Pokémon.
Yousuke Obata vive en la isla de Pago Pago, en el archipiélago de Fiyi, con su padre Tetsurou, un especialista en biología oceanográfica. Después de que una tormenta azote la isla, Yousuke viaja a la laguna con su moto de agua y encuentra allí un extraño bebé reptil. Tras llevarlo al laboratorio de su padre, decide quedárselo y llamarlo Coo. A medida que Coo crece y su tamaño aumenta, su parecido a un dinosaurio de hace más notorio y hará que haya otras personas interesadas en la criatura...
