Masahiko Watanabe

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

――美しい南の島フィジーのパゴパゴ島に住む海洋生物学者・小畑徹郎とその一人息子・洋助の目の前に“小さないのち”が姿を現したのは、嵐が過ぎ去った静かな朝のことだった。海岸に打ち上げられたそのかわいくて不思議な生き物は、つぶらな黒い瞳で洋助を見つめると「クー！」とひと言鳴いた。その日からそれはクー（ＣＯＯ）と名付けられ、洋助少年との心暖まる交流が始まった。この“ＣＯＯ”こそ、6500万年を超えて生き延びてきた水棲恐竜プレシオザウルスの赤ちゃんだった。しかし、その楽しい日々も長くは続かなかった。絶滅したかに思われたプレシオザウルスの存在を知った巨大な組織が、ある目的のためＣＯＯを利用しようと動き出したのだ。そして、少年の”ＣＯＯ”を守るための戦いが始まった……。