「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.
대빙원에 있던 과학자 「론도 박사」와 그의 아들 「하늘」. 그곳에 돌연 폭음과 함께 운석이 떨어진다. 주위를 감싸는 수증기. 그 안에서는 환상의 포켓몬 「테오키스」가 나타난다. 그곳에 천공포켓몬 「레쿠쟈」가 모습을 드러내며 격렬한 싸움이 시작된다. 그로부터 4년 후, 「랄스시티」에 도착한 지우 일행은 배틀타워에서 포켓몬 시합을 통해 이 마을에 사는 소년 하늘이와 만난다. 하늘이는 서서히 지우 일행에게 마음을 열고 포켓몬들과도 사이가 좋아지고 있었다. 그러던 중, 돌연 테오키스가 랄스시티에 나타난다. 테오키스의 목적은? 드디어 마을의 모든 기능이 정지되고 지우 일행은 마을에서 벗어나지 못하게 된다.
After a storm hits their island, Yusuke (driving his jet-ski) finds a baby dinosaur. He show it to his dad, they keep it and call it Coo. But there are other parties interested in a 65 million year old creature...
