Key Animation
La película tiene lugar un año después de los acontecimientos de la serie de anime. Después de pasar por un camino arduo a través de múltiples líneas de tiempo debido a la invención de los "D-Mails", es decir, los mensajes de texto que se pueden enviar al pasado, Rintaro Okabe ha aterrizado, según las informaciones de la "Steins Gate", en una línea de tiempo en la que ninguno de sus amigos tendrían que morir y en la que no existe un futuro gobernado por SERN debido a que no se produjo la invención de una máquina del tiempo. Sin embargo, Okabe pronto comienza a sentir los efectos secundarios de los constantes viajes a través del tiempo por múltiples líneas de tiempo, que pronto se acumula y ocasiona que Okabe desaparezca de repente de la existencia, con sólo Kurisu Makise, la chica que él había salvado gracias a sus esfuerzos, recordándolo a través de un déjà vu. Ahora es el turno de Kurisu para encontrar una manera de conseguir que Okabe regrese a la línea de tiempo.
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Se dice que su poder es comparable al de las Armas Ancestrales, la "carta de triunfo" de la Marina, "La Piedra Dyna", fue robada. El responsable es el temido y terriblemente poderoso, ex-Almirante de la Marina, un hombre llamado "Z", quien se cruza en el camino de los Piratas del Sombrero de Paja. El Cuartel General de la Marina se mueve hacia adelante para hacer frente a esta conspiración, que es capaz de hacer temblar los pilares del Nuevo Mundo. Por otra parte el ex-almirante Aokiji, persigue a los Sombreros de Paja por el Nuevo Mundo, mientras estos deciden enfrentar a Z y a su tripulación con su increíble poder.
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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
