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シュタインズゲートに到達してから1年後、まゆりも紅莉栖も死なない世界で、岡部は別の世界線では敵だった天王寺や萌郁とも良好な関係を築き、平穏ながらも幸せな日々を満喫していた。そんな中、アメリカの研究所にいた紅莉栖が、仕事を理由に1年ぶり秋葉原へと帰って来る。久しぶりの再会に喜びを分かち合う中、岡部は激しい頭痛に襲われ、次々に脳裏に浮かぶ別の世界線での記憶によって頭をかき乱される。 岡部は、過去の数限りない歴史改変とリーディングシュタイナー発動の代償として、R世界線にとばされることになる。時間跳躍のもたらす苦悩を知り抜いていた岡部は、過去改変を厳しく禁じていた。しかし、ダルやまゆりですら岡部の存在を忘れ、さらに紅莉栖自身も彼の記憶が薄れてしまった世界線で、紅莉栖は「何かこの世界に足りないもの」を取り戻すために、タイムリープに挑む。
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偉大なる航路の後半の海、新世界のとある島。NEO海軍を自称する元海軍大将・ゼットらは巨大なエネルギーを持つ鉱物、ダイナ岩を盗み、その破壊力で全海賊抹殺を企てていた。一方、新世界を航海中のルフィたち麦わらの一味のもとに、右腕に大型の武器を装着し、けがを負ったゼットが現れ、ルフィたちは介抱する。しかし目覚めたゼットはルフィたちに襲い掛かり……。
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2148年 迫り来る宇宙からの脅威「フェストゥム」より人類を守り、奪われた皆城総士を救出し、人類に味方するフェストゥムのコアを解放する為の作戦「蒼穹作戦」より2年・・・平和は守られたはずだった。総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束した。少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。そんなある日、一隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。中には1人の少年が眠っていた。そして、突如平和は破られる・・・
