Key Animation
O filme se passa um ano depois dos eventos na série de TV. Depois de passar por uma jornada meticulosa através de várias “Linhas de Mundo” devido à invenção do “D-Mail”, Okabe Rintarou finalmente chegou à linha de mundo de “Steins Gate”, onde nenhum de seus amigos morreram e o futuro dominado pela SERN não existe. No entanto, logo Rintarou começa a sentir os efeitos colaterais de suas viagens através de várias linhas de mundo, e isso leva ao desaparecimento de sua existência. Como apenas Makise Kurisu se lembra dele através de um déjà vu, cabe à ela encontrar uma maneira de trazer Rintarou de volta.
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Comparável às Armas Antigas, o trunfo dos fuzileiros navais, as “Pedras Dyna”, de repente foram roubadas por um homem terrivelmente poderoso, o ex- Almirante “Z”! Após uma curta e devastadora batalha contra o almirante Kizaru, “Z” fica gravemente ferido e é encontrado no mar pelo bando dos Chapéus de Palha, porém decide acabar com eles após saber que são piratas. A sede da Marinha finalmente se move para lidar com a conspiração que ameaça abalar os pilares do Novo Mundo.
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O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...
