En esta aventura de Pokémon, una fuerza misteriosa ata a Ash al Pokémon Mythical Volcanion cuando cae del cielo. Volcanion no puede escapar, y Ash es arrastrado a medida que continúa en su misión. Llegan a una ciudad de engranajes y engranajes, donde un ministro corrupto ha robado la última invención: el Pokémon Artificial Magearna, creado hace 500 años. El ministro planea usar el poder misterioso de Magearna para tomar el control del reino mecánico. ¿Puede Ash y Volcanion trabajar juntos para rescatar a Magearna? ¡Una de las mayores batallas en la historia de Pokémon está a punto de desplegarse!
Ash, Pikachu y sus amigos se encuentran en un hotel, cuando de repente aparecen unos anillos dorados que los transporta a Ciudad Desert, donde se encuentran con Hoopa, el cual que tiene la habilidad de hacerse con todo lo que se desee (incluyendo a personas y Pokémon) con ayuda de sus anillos mágicos...
La historia comienza en el momento en que el joven Keita Amano se encuentra con una pequeña cápsula en el bosque para después recibir un misterioso reloj. Así es como conoce a un fantasma que se hace llamar Whisper. Este le comenta al chico que el reloj que lleva en su muñeca le ayudará a ver todo tipo de criaturas sobrenaturales, tanto buenas como malas. A partir de ese instante, Keita vivirá una gran aventura. Tendrá que viajar 60 años atrás en el tiempo para conocer a su propio abuelo de joven, y entre los dos tratar de salvar a la humanidad.
