O enredo deste filme se passa 30 anos após a série original. Quando um meteoro está prestes a se aproximar da Terra, Summer Adams, Cole e Bruno se encontram e trabalham juntos para impedir a invasão de Onimaro com o poder de um novo Yo-kai Watch e Yo-kai que pode mudar entre as formas Lightside e Shadowside. . O filme em si serve como prólogo para o anime Yo-kai Watch Shadowside, que estreou alguns meses após a estreia do filme no Japão.
Conforme Ash e seus amigos continuam sua jornada, Volcanion cai do céu na frente deles. O objetivo de Volcanion é recuperar Magearna, que foi sequestrada pelo "Reino Azoth", uma cidade de super máquinas. No entanto, Volcanion e Ash tornaram-se ligados entre si por um estranho cinto magnético. Será que os dois conseguirão trabalhar juntos e salvar Magearna?
Cem anos atrás, a cidade do deserto “Désser City” foi severamente danificada por uma batalha épica entre os Pokémon. A batalha foi iniciada devido a um Pokémon específico. No entanto, o Pokémon foi selado por alguém, e a cidade voltou a ser calma e normal como era antes até os dias de hoje. Ash, Pikachu, Serena, Clemont e Bonnie continuam a sua jornada, e durante este perído encontram o Pokémon mítico Hoopa, que carrega anéis onde tem a capacidade de invocar tudo até mesmo Pokémon Lendários.
Quando os malvados Yo-Kai Kin, Gin e Bronzlow fazem o Yo-Kai Watch desaparecer com o tempo para que possam ajudar Dame Dedtime a impedir que humanos e Yo-Kai sejam amigos, Nate Adams encontra ajuda em Yo-Kai Hovernyan, que leva Nate , Sussurro e Jibanyan 60 anos atrás, quando o Relógio Yo-Kai foi inventado pelo avô de Nate, Nathaniel Adams, quando ele era um menino. Juntos, os dois meninos lutam contra Dame Dedtime e seus malvados asseclas Wicked Yo-Kai para salvar o mundo de seus planos malignos.
