Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el mayor acontecimiento desde la guerra, hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.
Es el año 2116 y el gobierno japonés ha comenzado a exportar los droides no tripulados y el concepto de Sistema Sibyl a los países que lo requieran y así es como se ha extendido mundialmente el sistema. La unión de países del sudeste de Asia (SEAUn) ha introducido recientemente el Sistema Sibyl y se encuentra en fase experimental y es gracias a ello que la ciudad artificial construida sobre el agua Shambala Float disfruta de días de paz y tranquilidad. Sin embargo, desde SEAUn llegan terroristas a Japón que consiguen birlar el Sistema Sibyl y lanzar una ofensiva al gobierno central. Es entonces cuando la sombra de cierto hombre aparecerá y Akane viajará hasta Shambala Float para descubrir la verdad detrás de la justicia que mueven estos hechos.
La historia comienza en medio de manifestaciones para protestar por la fijación de precios en el comercio de agua. Un evento para celebrar la asociación detenida de la empresa de agua del gobierno de la República de Kuzan con Harimadara Heavy Industries. Aramaki, jefe de Sección 9, cierra tiendas y apaga el tráfico en New Port City. La Sección 9 continúa monitoreando la situación y prepararse para las amenazas terroristas. La policía comienza a disparar a los manifestantes, y la Sección 9 trata de llegar a la fuente que inició el caos. Motoko se mueve más en los tiroteos que comienzan en el evento del representante de la industria del agua de Kuzan, Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, está dando un discurso. Una voz femenina dice:Fire Starter can't be stopped.
Haciéndose pasar por los amantes de vacaciones, Motoko y Batou trabajan para tratar de detener una organización terrorista cuyo símbolo es el Scrasath. Mientras tanto, Togusa investiga un asesinato de un hombre que poseía una pierna protésica fabricado por la corporación de la pierna de la sirena.
